성남에서 제조업 법인을 운영하고 있습니다. 최근 세무서에서 몇 년 전 거래한 외주업체의 세금계산서가 가공거래로 의심된다며 관련 계약서와 송금내역을 제출하라는 연락을 받았습니다.

해당 업체에 실제로 제품 가공을 맡기기는 했지만 당시 담당 직원이 퇴사했고, 작업지시서와 납품확인서도 일부만 남아 있습니다. 대금은 법인계좌로 보냈는데 거래처가 받은 돈 가운데 일부를 다시 현금으로 인출한 사실도 문제 삼는 것 같습니다.

조사 담당자는 부가가치세와 법인세를 추가로 부과할 수 있고 경우에 따라 조세범칙 문제도 검토될 수 있다고 했습니다. 이런 사건을 전문적으로 다루는 변호사에게 자료를 보여주기 전에 어떤 내용을 먼저 정리해야 하는지 궁금합니다.

세금계산서를 발급받고 대금을 지급했다는 자료만으로 실제 거래가 모두 입증되는 것은 아닙니다. 세무조사에서는 계약한 물품이나 용역이 실제로 공급됐는지, 공급자가 해당 업무를 수행할 인력과 시설을 갖추고 있었는지, 대금이 정상적으로 지급됐는지를 종합적으로 확인할 수 있습니다.

반대로 거래처가 자료상으로 의심받거나 지급받은 돈을 현금으로 인출했다는 사정만으로 귀사의 모든 거래가 가공으로 확정되는 것도 아닙니다. 실제 작업 내용과 결과물을 보여주는 자료를 최대한 복원해 소명하는 것이 중요합니다.

계약서에 기재된 물품이나 용역이 실제로 공급됐는지

거래처가 해당 작업을 수행할 인력과 장비를 보유했는지

발주, 작업, 납품과 검수 과정이 확인되는지

세금계산서 금액과 실제 지급액이 일치하는지

대금이 거래처를 거쳐 다시 회사나 대표자에게 반환됐는지

동일하거나 유사한 거래가 반복적으로 이루어졌는지

오래된 거래는 정식 계약서나 검수서가 모두 남아 있지 않은 경우가 있습니다. 이때에는 거래가 이루어진 전체 과정을 보여주는 간접자료를 함께 확보해야 합니다.

거래처와 주고받은 이메일 및 메신저 대화

발주서, 견적서와 거래명세표

원재료 반출 및 완성품 입고 기록

제품 생산일지와 재고관리 내역

운송장, 출입기록과 차량 운행자료

당시 담당 직원과 현장 관계자의 진술

회사와 대표자, 담당 직원의 계좌에 거래처로부터 다시 입금된 돈이 있는지 살펴봐야 합니다. 거래처와 현금으로 정산한 별도 비용이 있었다면 그 명목과 근거도 함께 확인해야 합니다.

세무당국이 거래를 가공으로 판단하면 해당 매입세액의 공제를 부인하거나 비용으로 처리한 금액을 손금으로 인정하지 않을 수 있습니다. 이에 따라 부가가치세와 법인세가 추가로 부과되고 가산세가 함께 문제 될 수 있습니다.

거래가 전부 허위가 아니라 공급자가 다르거나 일부 금액만 실제 거래와 맞지 않는 경우에는 처분 범위를 세분화해 다툴 필요가 있습니다. 전체 거래를 한꺼번에 인정하거나 부인하기보다 거래별로 실제 공급 내용과 금액을 구분해야 합니다.

비용으로 인정되지 않은 금액의 실제 사용처가 확인되지 않으면 회사 밖으로 유출된 것으로 판단돼 대표자에게 소득이 귀속된 것으로 처리되는 문제가 생길 수 있습니다.

해당 금액이 실제 외주비, 원재료비나 다른 회사 비용으로 사용됐다는 자료가 있다면 자금 사용처를 구체적으로 소명해야 합니다. 법인계좌에서 인출됐다는 이유만으로 대표자가 개인적으로 사용했다고 단정되지 않도록 회계자료와 실제 지출내역을 연결할 필요가 있습니다.

세무조사는 세액을 확인하고 부과하기 위한 행정절차이지만, 허위 세금계산서를 고의로 발급하거나 수취한 정황이 있다고 판단되면 조세범칙 조사나 형사절차 문제가 별도로 제기될 수 있습니다.

이 경우 단순한 회계처리 착오인지, 거래가 없다는 사실을 알면서 세금계산서를 주고받았는지, 조세를 줄이려는 의도가 있었는지가 중요해질 수 있습니다. 세무조사 단계에서 제출한 확인서와 진술은 이후 절차에서도 검토될 가능성이 있으므로 문구를 신중히 확인해야 합니다.

조사 과정에서 작성되는 확인서나 문답서는 사실관계와 회사의 입장을 정리하는 중요한 자료가 될 수 있습니다. 담당자가 작성한 문장이 실제 설명과 다르거나 거래 전체를 가공으로 인정하는 의미가 될 수 있다면 수정 요청을 해야 합니다.

기억이 나지 않는 사항을 확정적으로 인정하거나 다른 직원의 업무까지 추측해 답변하지 않는 것이 좋습니다. 서명 전에는 거래 기간, 금액, 업체명과 인정 범위를 구체적으로 확인해야 합니다.

세무조사 결과에 따라 과세예고 통지나 납세고지서가 나오면 처분 내용과 불복기간을 확인해야 합니다. 과세 전 단계에서 의견을 제출하는 절차와 처분 후 이의신청, 심사·심판청구 또는 행정소송은 각각 요건과 기간이 다를 수 있습니다.

세무서 담당자에게 계속 설명하고 있다는 이유만으로 불복기간이 정지되는 것은 아닐 수 있습니다. 통지서와 고지서를 받은 날짜를 기준으로 가능한 절차를 검토해야 합니다.

세무조사 통지서와 자료제출 요구서

거래처별 계약서, 견적서와 발주서

세금계산서와 거래명세표

법인계좌의 대금 지급내역

제품 입출고 기록과 재고관리 자료

작업일지, 납품확인서와 운송자료

거래 담당 직원과 관계자의 연락처

회계장부와 법인세·부가가치세 신고자료

과세예고 통지서, 세무조사 결과통지서와 납세고지서

STEP 1: 세무서가 문제 삼는 거래처와 과세기간을 확인합니다.

STEP 2: 계약, 대금 지급과 실제 공급자료를 거래별로 연결합니다.

STEP 3: 회사와 대표자에게 반환된 자금이 있는지 확인합니다.

STEP 4: 조사 진술과 제출자료 사이에 모순이 없는지 검토합니다.

STEP 5: 과세처분이나 형사절차 가능성에 맞춰 불복자료를 준비합니다.

거래처가 가공업체로 의심받는다는 사실만으로 회사의 모든 매입거래가 허위로 확정되는 것은 아닙니다. 실제 물품이나 용역이 공급됐다는 점을 계약, 생산과 납품자료로 구체적으로 설명해야 합니다.

조세 사건은 세금계산서 한 장보다 계약 체결부터 대금 지급, 작업과 납품까지 전체 흐름이 중요합니다. 자료가 일부 부족하다면 당시 직원의 진술과 간접자료를 통해 거래 과정을 복원해야 합니다.

성남에서 세무조사를 받고 있다면 조사 단계의 소명뿐 아니라 향후 과세처분에 대한 불복과 형사절차 가능성까지 살펴볼 필요가 있습니다. 전문적인 검토가 필요할 때에는 세무자료와 계좌 흐름을 함께 분석할 수 있는 담당자를 확인하는 것이 중요합니다.